Основными направлениями совершенствования налоговой системы являются:
-        обеспечение стабильности налоговой системы:
-        максимальное упрощение налоговой системы, изъятие из законов и инструкций норм, имеющих неоднозначное толкование;
-        ослабление налогового прессинга путем снижения налоговых ставок, обеспечение разумного уровня налоговых изъятий;
-        оптимальное сочетание прямых и косвенных налогов. При этом следует иметь в виду, что в странах с развитой рыночной экономикой в последние годы предпочтение отдается прямым налогам, в то время как ориентация на косвенные налоги свидетельствует о неспособности налоговых администраций организовать эффективный налоговый контроль за сбором прямых налогов;
-        усиление роли имущественных налогов, имеющих устойчивую налогооблагаемую базу;
-        приведение в соответствие с налоговым законодательством иных законов, так или иначе затрагивающих порядок исчисления и уплаты налогов (в том числе, норм бухгалтерского учета);
-        максимальный учет при налогообложении реальных издержек хозяйствующих субъектов, связанных с их производственной деятельностью;
-        совершенствование подоходного налогообложения физических лиц, разработка гибкой шкалы налогообложения с учетом инфляционного процесса;
-        развитие принципа добровольности при уплате налогов, неотъемлемой частью которого является своевременное информирование налогоплательщиков об изменениях налогового законодательства, оказание консультационных услуг при исчислении и уплате налогов.
Надежды на решение указанных проблем принято связывать с Налоговым кодексом РФ. Вступление в силу с 01.01.99 г. его первой части немало способствовало укреплению самосознания налогоплательщиков, повышения их статуса в системе взаимоотношений с налоговыми органами. В связи с этим существенное значение имеет введение в налоговых отношениях презумпции невиновности налогоплательщиков, расширение их прав, толкование всех неустранимых противоречий в налоговом законодательстве в пользу налогоплательщиков. Несмотря на отдельные недостатки части первой Налогового кодекса РФ, его принятие стало важной вехой на пути создания системы цивилизованных налоговых отношений. Завершить начатое — задача второй (специальной) части Налогового кодекса РФ.
Налоговый кодекс предусматривает сокращение общего числа налогов при сохранении наиболее значимых налогов, как с фискальных позиций, так и с позиций регулирования экономических процессов. В связи с этим упраздняется значительная часть ныне действующих местных налогов, имеющих слабое фискальное и регулирующее значение. В то же время состав местных налогов пополняется переводом под юрисдикцию местных органов власти налога на наследование и дарение, ныне относящегося к компетенции федеральных органов. Из числа федеральных налогов исключаются недостаточно эффективные с изложенных выше позиций: сбор за использование наименования «Россия», налог на операции с ценными бумагами, налог на приобретение автотранспортных средств и налог на реализацию горюче-смазочных материалов (ГСМ). В то же время состав федеральных налогов пополняется рядом новых налогов, связанных с использованием природных объектов (налогом на дополнительный доход от добычи углеводородов, сбором за пользование объектами животного мира и биологическими ресурсами) и экологическим налогом. Налоговый кодекс РФ предусматривает принципиально новый подход к взиманию имущественных налогов, имея в виду постепенную замену традиционных имущественных налогов налогом на недвижимость. В проекте его второй части сделана попытка устранить недостатки и упорядочить взимание НДС, налога на прибыль и ряда других налогов. В частности, совершенствование порядка исчисления и уплаты НДС предусматривает следующие направления: