Кроме того, вычетам подлежат суммы налога, удержанные из доходов иностранных налогоплательщиков, не состоящих на учете в налоговых органах Российской Федерации, и уплаченные за этих иностранных налогоплательщиков покупателями — налоговыми агентами;
суммы налога, уплаченные продавцами налогоплательщику, являющемуся инвестором соглашения о разделе продукции, при приобретении либо уплаченные им при ввозе на таможенную территорию Российской Федерации товаров (работ, услуг), предназначенных для выполнения работ по соглашению о разделе продукции (если затраты на приобретение этих товаров (работ, услуг) подлежат включению в издержки производства и обращения); суммы налога, предъявленные продавцом и уплаченные налогоплательщиком при приобретении товаров, в случае их возврата продавцу или отказа от них; суммы налога, уплаченные налогоплательщиком подрядчикам при проведении капитального строительства, при выполнении строительно-монтажных и ремонтных работ для собственного потребления, а также при приобретении объектов завершенного капитального строительства (указанные суммы налога подлежат вычету при введении в действие соответствующих объектов завершенного капитального строительства). В последнем случае устраняется несправедливость в отношении застройщиков, не имевших, согласно Закону РФ от Об. 12.91 г. № 1992-1 «О налоге на добавленную стоимость», права вычета входного НДС по законченным капитальным строительством объектам. Если сумма налоговых вычетов в данном налоговом периоде превысит общую сумму исчисленного налога, налогоплательщик в этом налоговом периоде НДС платить не будет. Разница между суммой налоговых вычетов и общей суммой налога признается суммой излишне уплаченного налога и подлежит зачету в счет текущих и (или) предстоящих в следующем налоговом периоде платежей по этому налогу или возврату налогоплательщику. Указанный порядок расчета НДС станет единым для всех сфер деятельности, что существенно облегчит расчеты между хозяйствующими субъектами, а также контроль со стороны налоговых органов.
Значительно большие изменения ожидают налог на прибыль, что связано, прежде всего, с введением нового порядка формирования затрат, учитываемых при налогообложении. Объектом налогообложения для российских организаций признается прибыль, полученная в налоговом периоде, как от источников в Российской Федерации, так и за ее пределами. При этом зачет уплаченного за границей налога будет производиться лишь в пределах налога, уплаченного с полученных за границей доходов по российскому законодательству. Изменяется порядок определения налоговой базы: вместо расчета валовой прибыли, представляющей собой сумму прибыли от реализации продукции (работ, услуг), прибыли от реализации основных фондов и иного имущества, а также сальдо внереализационных расходов, определяется общая сумма подлежащих налогообложению доходов, уменьшенная на предусмотренные кодексом вычеты.
При определении доходов, подлежащих налогообложению, учитываются доходы от реализации товаров (работ, услуг), имущества, в том числе основных средств (включая предоставление его в пользование), доходы участников рынка ценных бумаг, от размещения ценных бумаг по поручению эмиттентов и доходы, не связанные с реализацией. Доходом от реализации товаров (работ, услуг), реализации и предоставления в пользование имущества признается выручка от такой реализации (предоставления в пользование). При определении выручки от реализации товаров (работ, услуг), реализации и предоставления в пользование имущества в нее не включаются суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщиком покупателю, суммы акцизов и налог с продаж.