Второй акт переносит нас в знакомый кабинет Фауста, где теперь обитает преуспевший Вагнер. Мефистофель доставляет сюда бесчувственного Фауста в момент, когда Вагнер по таинственным рецептам мастерит Гомункула, который вскоре укажет Фаусту путь к Фарсальским полям. Туда полетят они - Фауст, Мефистофель, Гомункул - разыскивать легендарную Елену.
Образ Гомункула - один из наиболее трудно поддающихся толкованию. Он - не на мгновенье мелькнувшая маска из "Сна в Вальпургиеву ночь" и не аллегорический персонаж из "Классической Вальпургиевой ночи". У Гомункула -своя жизнь, почти трагическая, во всяком случае кончающаяся гибелью. В жизни и поисках Гомункула, прямо противоположных жизни и поискам Фауста, и следует искать разгадку этого образа. Если Фауст томится по безусловному, по бытию, не связанному законами пространства и времени, то Гомункул, искусственно созданный в лаборатории алхимика, скороспелый всезнайка, для которого нет ни оков, ни преград, - томится по обусловленности, по жизни, по плоти, по реальному существованию в реальном мире.
Гомункул знает то, что еще не ясно Фаусту в данной фазе его развития. Он понимает, что чисто умственное, чисто духовное начало, как раз в силу своей "абсолютности" - то есть необусловленности, несвязанности законами жизни и конкретно-исторической обстановкой - способно лишь на ущербное, неполноценное бытие. Гибель Гомункула, разбившегося о трон Галатеи (здесь понимаемой как некая всепорождающая космическая сила), звучит предупреждением Фаусту в час, когда тот мнит себя у цели своих стремлений: приблизиться к абсолютному, к вечной красоте, воплощенной в образе Елены.
В "Классической Вальпургиевой ночи" перед нами развертывается картина грандиозной работы всевозможных сил - водных и подпочвенных, флоры и фауны, отважных порывов человеческого разума - над созданием совершеннейшей из женщин, Елены. На сцене толпятся низшие стихийные силы греческой мифологии, чудовищные порождения природы, ее первые мощные, но грубые создания - колоссальные муравьи, грифы, сфинксы, сирены; все это истребляет друг друга, живет в непрестанной вражде. Над темным кишением стихийных сил возвышаются уже менее грубые порождения; полубоги, нимфы, кентавры. Но и они еще бесконечно далеки от искомого совершенства. И вот предутренние сумерки мира прорезает человеческая мысль - философия Фалеев и Анаксагора: занимается день благородной эллинской культуры. Все возвещает появление прекраснейшей.
Хирон уносит Фауста к вратам Орка, где тот выпрашивает у Персефоны Елену. Мефистофель в этих поисках ему не помогает. Чтобы смешаться с толпою участников ночного бдения, он облекается в наряд зловещей Форкиады. В этом наряде он будет участвовать в третьем акте драмы, при дворе ожившей спартанской царицы.
Елена перед дворцом Менелая. Ей кажется, будто она только сейчас вернулась в Спарту из павшей Трои. Она в тревоге.
А между тем действие продолжает развиваться в условно реалистическом плане. Форкиада говорит Елене о грозящей ей казни от руки Менелая и предлагает скрыться в замок Фауста, воздвигнутый на греческой земле крестоносцами. Получив на то согласие царицы, она переносит ее и хор троянских пленниц в этот заколдованный замок, не подвластный законам времени. Там совершается бракосочетание Фауста с Еленой. Истинный смысл всей темы Елены раскрывается в финале действия, в эпизоде с Эвфорионом. В общении с Еленой Фауст перестает тосковать по бесконечному. Он мог бы уже теперь "возвеличить миг", если бы его счастье не было только лживым сном, допущенным Персефоной. Этот-то сон и прерывается Эвфорионом. Сын Фауста, он унаследовал от отца его беспокойный дух, его титанические порывы. Этим он отличается от окружающих его теней. Как существо, чуждое вневременному покою, он подвержен и закону смерти. Гибель Эвфориона, дерзнувшего вопреки родительской воле покинуть отцовский замок, восстанавливает в этом заколдованном царстве законы времени и тлена, и они вмиг рассеивают лживые чары.