При разработке программы аудита аудитор должен сопоставить вышеуказанную оценку с существенными сальдо счетов и классов операций или предположить высокий уровень неотъемлемого риска.
На стадии разработки общего плана аудита аудитор должен сделать профессиональное суждение по следующим факторам:
-        честности руководства экономического субъекта;
-        опыта и компетентности руководства экономического субъекта;
-        необычному давлению на руководство;
-        характере бизнеса экономического субъекта;
-        факторах влияющих на отрасль.
На стадии разработки программы аудита аудитор должен сделать профессиональное суждение по:
-        счетам бухгалтерской (финансовой) отчетности, у которых существует вероятность искажений (счета связанные со значительным объемом бухгалтерских расчетов);
-        сложным операциям или событиям, требующим привлечения экспертов;
-        субъективности суждений при определении сальдо счетов;
-        подверженности активов потерям или присвоению;
-        необычным или сложным операциям, особенно в конце отчетного периода;
-        операциям, которые невозможно обработать при помощи обычных процедур.
Аудитору следует также помнить, что существуют определенного рода ограничения, связанные с системами бухгалтерского учета и внутреннего контроля, которые не позволяют предоставить руководству экономического субъекта исчерпывающие доказательства достижения целей.
К ним, как правило, относятся ограничения связанные:
-        с общепринятыми требованиями руководства экономического субъекта о понижении уровня затрат, связанных с внутренним контролем, то есть чтобы затраты на внутренний контроль были ниже ожидаемых экономических выгод;
-        с акцентом средств внутреннего контроля на текущие, а не на редкие операции;
-        с человеческим фактором (субъективность суждений, ошибки, небрежность и прочее);
-        с вероятностью обхода процедур внутреннего контроля посредством сговора как с внутренними, так и внешними лицами;