Главными методами реализации инновационной политики являются:
-       формирование институциональных и законодательных условий для позитивных изменений в инновационной сфере. Масштабы внедрения прогрессивных технологий и производств наукоемких видов продукции в значительной мере определяются институциональными преобразованиями, обеспечивающими развитие новых прогрессивных форм инновационной деятельности и бизнеса в этой области экономики. В законодательном плане должны предусматриваться меры по разработке правовых актов, в первую очередь, федерального закона от инновационной деятельности и государственной инновационной политике в Российской Федерации, указа Президента Российской Федерации о государственной политике по развитию рынка интеллектуальной собственности и вовлечению в хозяйственный оборот результатов интеллектуальной деятельности, постановления Правительства Российской Федерации о неотложных мерах по развитию рынка интеллектуальной собственности и вовлечению в хозяйственный оборот результатов научно-технической деятельности и др.;
-        государственная поддержка и стимулирование инвесторов, вкладывающих средства в наукоемкое, высокотехнологичное производство, а также организаций различных форм собственности (в период освоения ими инноваций) за счет введения определенных налоговых льгот, государственных гарантий и кредитов;
-        совершенствование налоговой системы с целью создания выгодных условий для ведения инновационной деятельности всеми субъектами независимо от форм собственности и видов финансирования;
-        внешнеэкономическая поддержка, предусматривающая создание условий для формирования совместных с иностранными партнерами организаций по выпуску отечественной наукоемкой продукции и реализации ее на внешнем рынке, обеспечение рекламы отечественных инноваций за рубежом, совершенствование выставочно-ярмарочной деятельности, вхождение в международные информационные системы для обмена информацией по инновационным проектам;
-        обеспечение в зарубежных кредитных линиях квот для развития инновационной инфрастуктуры, закупки оборудования в целях реализации высокоэффективных инновационных проектов под гарантии государства и лицензий на высокоэффективные технологии и ноу-хау для освоения производства новейшей продукции;
-        консолидация усилий органов государственной власти и частных инвесторов, направленных на организацию взаимодействия со странами-членами ЕС, СНГ, другими государствами;
-        развитие лизинга наукоемкого уникального оборудования;
-        участие инновационно-активных организаций в международных конкурсах;
-        выделение прямых государственных инвестиций для реализации инновационных программ и проектов, имеющих общенациональный характер, но не привлекательных для частных инвесторов.
Для развития инновационной деятельности необходим также комплекс мер по созданию чисто рыночных структур (например, бирж инноваций для выполнения инновационных проектов, организации открытых торгов ценными бумагами инновационных фирм и информационного обеспечения участников инновационного рынка).