В то же время система производительных сил командной экономики характеризовалась серьезными диспропорциями. Форсированная индустриализация и догоняющий тип развития, в целом, привели к перераспределению ресурсов в пользу I подразделения; отрасли II подразделения и особенно сельское хозяйство испытывали нехватку ресурсов; преобладал экстенсивный тип экономического роста. Экономика в основном оставалась маловосприимчивой к техническому прогрессу. Инновации осуществлялись лишь посредством административных методов; экономические стимулы для их распространения не получили развития. В условиях научно-технической революции, и прежде всего в связи с распространением информационно-компьютерных технологий, это привело к увеличению технического отставания от высокоразвитых стран. Недостаточное развитие отраслей   II подразделения, сферы услуг и сельского хозяйства привело к углублению отставания от высокоразвитых стран по показателям уровня и качества жизни.
Существенным недостатком являлась слабая заинтересованность работников в результатах труда и, как следствие, неэффективность функционирования основного элемента производительных сил. Организация труда приобретала черты принудительности; были частично воспроизведены докапиталистические формы трудовых отношений.
Важнейшей особенностью отношений собственности в социально-экономических системах командно-административного типа было расхождение между формальной, в том числе юридической, оболочкой этих отношений и их реальным содержанием. Поскольку ликвидация всех разновидностей частной собственности носила преждевременный и формально-надстроечный характер, то произошло ее фактическое возрождение: получили распространение различные превращенные экономические формы, в той или иной степени искажающие и маскирующие действительное содержание отношений собственности. За официальной вывеской социалистической собственности в двух ее основных формах — общенародной (государственной) и колхозно-кооперативной — постепенно получили развитие теневой капитал и собственность номенклатурной бюрократии на государственные должности. Эти фактические функции собственников позволяли их субъектам присваивать прибавочный продукт.
Основная же часть членов общества имела возможность присвоения лишь необходимого продукта, при этом иногда не в полном объеме и, как правило, под контролем и в формах, определяемых номенклатурной бюрократией. Не только в чрезвычайных обстоятельствах, но и в обычных, относительно нормальных условиях постоянно возрождались система и отдельные элементы карточного распределения. В целом распределительные отношения применительно к основной массе работников имели уравнительный характер и мало способствовали заинтересованности работников в повышении эффективности труда.
Основными чертами, характерными для систем управления и планирования в условиях командной экономики, являлись чрезмерная централизация, бюрократизм и формализация. Практика управления была такова, что не только ключевые макроэкономические проблемы, но и многие вопросы текущего оперативного руководства предприятиями решались в центре, в Госплане, в общеэкономических и отраслевых министерствах, главках и иных инстанциях. Предприятиям предписывались и принимали форму обязательных плановых заданий многие десятки, а иногда и сотни различных показателей, выполнение которых являлось основной целью и критерием оценки результатов работы трудовых коллективов и администрации. Это сковывало инициативу, порождало несамостоятельность неэкономического мышления и поведения, стремление действовать «по указке сверху» и по шаблону, уклоняться от нововведений и от всяких нестандартных решений.